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使用公司车辆注册顺风车公司，公司是有可能知道的。因为很多公司都会监控员工的车辆使用情况，包括车辆的行驶轨迹、里程数等。如果员工使用公司车辆注册顺风车，并且被公司查证属实的话，可能会涉及到一些管理问题，比如公车私用等。因此，是否会被公司知道取决于公司的管理方式和监控手段。
还需要考虑的是，使用公司车辆从事其他商业活动可能会违反公司的相关规定和政策，如果员工想注册顺风车，建议先与公司沟通并获得批准后再进行，也要注意遵守公司的相关规定和政策，避免给自己带来不必要的麻烦。
仅供参考，具体情况请结合所在公司的实际规定和政策来判断，如果仍有疑问，建议咨询公司法务部门或相关管理人员。